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万历的去世，失去了最后的缓冲因素。互相猜忌的小团体至此公开地互相责难。一连串的问题被提出来了：当初先皇对继承人的问题犹豫不决，在中枢任要职的人何以不慷慨直言？王锡爵身为首辅，居然同意先皇提出的三王并封的主张，即皇长子常洛、皇三子常洵、皇五子常浩同时不分高下地并封为王，这是何居心？要不是大臣们缺乏骨气而作迁就，先皇何至把“国本”问题拖延得如此之久，致使后果难于收拾？据说郑贵妃还有谋害皇长子的阴谋，何以不作彻底的调查追究？这些问题，没有法律上的程序可供参照以找到答案，但是在感情上则带有强烈的煽动性。提出问题的人自己也未必有寻根究底的决心，而只是利用这些问题作为控诉的口实，把食指指向反对者的鼻子，借此在党争中取得主动。
本朝的制度，应当说是不能听任这种党争发展的。我们的司法制度极为简单，缺乏判决争端的根据。即使是技术上的问题送交御前请求决定，也要翻译成为道德问题，以至善或极恶的名义作出断语。在这种具体情况下，只有使全部文官按照“四书”的教导，以忠厚之道待人接物，约束自己的私心，尊重别人的利益，大事化小，小事化无，朝廷才能上下一心，和衷共济。要是官员们口诵经典中的词句，称自己为君子，别人为小人，在道德的掩盖下夺利争权，这就是把原则整个颠倒了。这种做法会导致文官集团的涣散，进而导致我们的帝国无法治理。这不必等到1620年万历的灵枢抬到大峪山下葬的时候才能明白，1587年申时行说的“自古国家未有如此而能长治久安者”，已经把这个道理说得十分清楚了。
但是当日的申时行并没有足够的力量影响舆论，此后的影响则更为微弱。皇位的继承问题发生在他担任首辅的时候，所以很多人都感慨在这紧张的几个年头之内偏偏碰上了这样一个软弱无能的人做了文渊阁的首脑。
1591年申时行被迫去职的时候，舆论对他已经丧失了同情。这原因需要追溯到上一年，即1590年。这一年之初，皇长子常洛只有足岁七岁半，但按中国传统的计算方法，他已经9岁。这时他还没有出阁讲学，给很多廷臣造成了不安，担心他长大以后不能和文官作正常的交往。但是出阁讲学，他又必须具有太子的名义，否则就是名不正言不顺。问题迫在眉睫，所有的京官集体向文渊阁的四个大学士施加压力，要求他们运用自己的声望，促使万历册立常洛为太子。于是，以申时行为首的四个大学士向皇帝提出了辞呈，理由是他们无法向百官交代。皇帝当然也不能接受他们的辞呈，因为他们一去，就不再有人敢接受这个首当其冲的职位。
于是皇帝宣布，他无意于废长立幼，但是他不能接受臣下的要挟。他说，如果一年之内廷臣不再以立储一事打扰他，他可以在1592年立常洛为太子。如果再有人以此纠缠，立储就要延后。在这一妥协的条件下，各位大学士才回到文渊阁继续办公。
在这一年里，群臣遵照万历的意见不再以立储相催促，但却都感到了气氛的沉重。也有很多人怀疑申时行已经为皇帝所利诱，而在运用他的声望引导京官，使他们拥护常洵。1591年春天，万历打算授予申时行以太师，这是文官的最高职衔，即使是张居正，也只是在临死前才得到了这样的荣誉。申时行坚决辞谢，万历又提议赐给申时行以伯爵的俸禄，这也是没有前例的。申时行又一次极其惶恐地声称他没有功德可以接受这样的恩赐。以上的提议虽然都没有成为事实，但是已经使申时行感到窘迫。这种特殊的宠信使别人因羡生妒，给他执行皇帝和百官的联络职务增添了困难。申时行纵然以长厚著称，但官员们决不会愿意这个位极人臣的首辅再立下拥立太子的新功。就在这时候，他又成为舆论攻击的对象。那一年的阳历9月，福建金事李琯参劾首辅，说申时行主持的大峪山陵寝工程出了问题，按照他的情报，地基内已有水涌出。这位远在数千里外的地方官，冒着丢掉前程的危险来参劾首辅，其目的不外乎公开警告申时行：你虽然深得皇帝的信任，但是文官集团仍然有足够的力量动摇你的地位，如果你不对全体文官负责的话。这位上书言事的官员在事后被革职为民，但在文官们看来，这种牺牲决不会是没有意义的。此人既已博得了忠臣的名声，而他的计算如果正确，他日复职加官，也是意中之事。
阳历10月，工部的一位官员因为皇帝允诺的册立太子的期限在即，立储大典的各项开销理应由他负责筹备，他就编造预算，呈请皇帝批准。皇帝的朱批使全体文官为之瞠目咋舌。朱批说，他早已声明不准臣下在一年之内催促他立储，这个工部官员借编造预算为名而行催促之实，这就是违反了他的命令，而他也就必须按照声明中所说的那样，把立储延后。这种故意的节外生枝不禁使群臣深感忧虑，人君如此缺乏诚意，他将用什么来维持威信，统治国家？于是他们联名奏请皇帝收回这一朱批，并希望他亲口许诺的明春立储一事能付诸实现。因为申时行正在病中，内阁大学士的联名呈请，由二辅许国执笔。但这份奏章仍然由申时行领衔。
这一大规模的抗议使龙心赫然震怒。申时行获知皇帝的反应，立即呈上一份揭帖，说明内阁的联名奏章虽然列上他的名字，他事先却并未与闻。被孤立的皇帝亲自在朱批中感谢申先生对他的忠爱之忱。事情本来可以在这里结束，因为大学士的揭帖系秘密文书，经过御览以后向例是退回本人而不公布的。但是这一揭帖偏偏为许国所截获，他就毫不客气地送交给事中办公室抄录公布。申时行立刻向给事中索回原件不准公布，但其内容已经在文官中传遍，而且这种索取已发科抄写的文件也属违背成宪。
这样重大的事件逼得当时值日的给事中参劾申时行，参劾的措辞还十分严厉，说他“遁其辞以卖友，秘其语以误君。阳附群众请立之议，阴缓其事以为内交之计”，“陛下尚宽而不诛，高庙神灵必阴殛之。这意思说，申时行是一个十足的两面派和卖友误君的小人，即使皇上不加处罚，洪武皇帝的神灵也会对他加以诛戮的。
万历皇帝开始并没有体会事情的严重性。他降旨勒令这个给事中降级调往外省，并命令申时行照常供职。申时行准备遵旨回到内阁，然而文官们的情绪已经如火如荼，不可遏止，一个接着一个递上了参劾申时行的本章。很明显，申时行无法抵御这些道德上的控诉，他的威信已经扫地以尽，再也无法取得同僚的信任。这种局势一经明朗，他除了辞职以外，别无他途可供选择。在这种情况下，皇帝的慰留也无济于事。要是再恋栈不去，他就必然成为张居正第二。
在听任申先生离职之前，皇帝不能没有必要的措施以重振自己的权威。那个发难参劾申时行的给事中由降级外调而加重为革职为民。这是因为他受到了文官的表扬，而要皇帝收回处罚他的成命；而在皇帝那里，虽然无法挽留群臣所不齿的大官，却必须表示有能力斥退他们所欣赏的小官。其次轮到了二辅许国。多年来他和申时行在表面上似乎同心协力，这一事件暴露了他对申时行的嫉忌，而他故意公开申时行的秘密揭帖，说明了他的秉性并非忠厚，这种人自也不应在御前担任要职。由此，许国也被参劾，皇帝批准他“回籍调养”。两天以后，皇帝才接受了申先生的辞呈。
